Манастирът е изграден през 12 век вероятно след преустройството на малка крепост. Проучвания на района доказват, че на това място преди това е съществувал и малък римски кастел. Според местното предание земите около днешния манастир били владение на братята Асен и Петър. При обявяването на въстанието за освобождаване на България от византийско владичество през 1185 г., те дали оброк, ако въстанието е успешно да изградят манастир.

В края на 14 век манастирът е разрушен от османските нашественици. Няколко пъти той е възстановяван и отново разграбван и опожаряван. Едно от възстановяванията му е било през 1662 г. с помощта на местното българско население. В този период Търновската епархия, в която се намира манастирът, е била подвластна на гръцката Цариградска патриаршия. Поради тази причина е управляван от гръцки владика, който изгонва българските монаси и настанява гръцки игумен и монаси. Това продължава до провъзгласяването на самостоятелната Българска църква през 1870 г., а гърците били изгонени.

По време на османското владичество Лясковският манастир поддържал активни духовни връзки с Русия и с руските манастири. Свидетелство за това е подареното от руския цар Петър I през 1708 г. четириевангелие, обковано с позлатени корици. Същото днес се пази в Църковния историко-археологически музей в София.

Манастирът е тясно свързан с няколко забележителни исторически събития свързани с националноосвободителните борби на българския народ.

През 1700 г. вдовицата Мара и синът ѝ Стоян, заедно с известния влашки войвода Мирчо, подготвили в манастира въстание срещу Османската империя. Съзаклятник е бил игуменът на манастира Софроний. Въстанието днес е известно като Мариното въстание.
В 1856 г. Капитан Дядо Никола Филиповски повежда от манастира тринадесет четници към Габровския балкан.
На 15 юни 1862 г. хаджи Ставрий организира тук буна (Хаджиставревата буна) със седемдесет души.
След тези събития манастирът запустява за няколко години поради факта, че игуменът хаджи Теодосий и брат му хаджи Йоасаф са заточени в Диарбекир, а монасите – затворени. През април 1869 г. Васил Левски тайно пристига в Лясковския манастир и основава в Лясковец революционен комитет, а през 1872 преминава отново с Ангел Кънчев. Манастирът често е давал убежище на апостолите на Великотърновския революционен окръг: отец Матей Преображенски-Миткалото, Георги Измирлиев, Иван Панов Семерджиев, Бачо Киро, Христо Иванов-Големия.

През 1874 г. Браницкият епископ Климент открива първото българско богословско училище, което по-късно прераства в Духовна семинария и продължава дейността си до 1885 година.

През 1878 г. славянският благотворителен комитет урежда в манастира сиропиталище за пострадалите с управител Добри Войников.

По време на Стомболовия режим (1893 г.) тук е заточен Васил Друмев.

От 1902 до 1912 г. Петропавловският манастир е превърнат в приют за душевно болни.

Старата църква на манастира била украсена със стенна живопис през 1662 г.[1] Голямото земетресение в Горна Оряховица през 1913 г. и избухналият след него пожар разрушават храма, източното манастирско крило и още няколко постройки. Устояват само новите сгради на семинарията. Впоследствие, след продължителна реставрация, манастирът отново е възстановен.

В периода 1918 – 1922 г. тук се заселват 60 руски бежанци, а след тяхното напускане манастирът става девически. От 1925 до 1928 г. функционира църковно-певческо училище. През 1937 г. манастирът се превръща в дом-работилница за глухонеми момчета, закрита през 1945 г. През 1947 г. митрополит Софроний отново възстановява монашеското девическо братство.

През 1980 г. е изградена и днешната камбанария.