Според някои изследователи Патриаршеският манастир е основан през 1070г. и основание за това предположение дава надпис намерен при строежа на новата църква през 1847г. Според друга версия, обителта е основана по време на царуването на Иван Александър от Теодосий Търновски и Патриарх Евтимий. През 1375г. монах Евтимий бил избран за патриарх в Търново и от тогава обителта се назовава Патриаршеска. Манастирът "Св. Троица" става център на прочута книжовна школа "Търновско училище". Нейно дело е голямата правописна реформа и създадените езикови норми. В книжовната школа получават образованието си известни писатели, като Григорий Цамблак и Константин Костенечки.

По време на завладяването на Търново от османците, Патриаршеският манастир е ограбен и разрушен. През 15 -18в. манастира е под покровителството на влашки и молдовски войводи, за което са запазени няколко дарствени грамоти. При възобновяването на обителта през 1847г. са намерени запазени четири такива грамоти от влашките войводи Иван и Стефан Кантакузин, Иван Александър Гика, Иван Ипсиланти и Иван Константин. По време на кърджалийските набези в началото на 19в., манастира е разграбен и запустява.

Патриаршеският манастир е възобновен през 1847г. със средствата на местното население, но на разстояние един километър от стария манастир. Тогава е построена нова църква дело на Кольо Фичето и изографисана от Захари Зограф. През 1913г. голямо земетресение срутва голяма част от манастира, включително и църквата, от която оцеляват само част от иконите и иконостаса. През 1927г. манастира е възстановен, но във видоизменен и опростен вид и дизайна на реконструираната църква е различен от този на Кольо Фичето.

До 1946г. Патриаршеския манастир е мъжки, когато идват първите монахини и от 1948г. е вече официално девически.