Арбанашкият манастир "Св. Никола" е основан по времето на Асеневци и след падането на българската столица Търново в 1393г. е разрушен от турците. През 1680г. манастира е възобновен, като тогава била построена и сегашната църква. По това време е издигнат и параклиса "Св. Илия" чийто стенописите са запазени и до днес.

През 17-18в. арбанашката църква била енорийска на с. Арбанаси. През 1798г. при кърджалийско нападение църквата е ограбена и почти разрушена, но десет години по-късно е възстановена. През 1833г. по инициатива на отец Зотик от Преображенския манастир, със средства събрани от местното населението се извършва ново обновление на храма. Били построени жилищните сгради и дворът бил ограден със зид.

Арбанашкият манастир се превърнал в девически и негова първа игуменка станала Теодора Христова от Търново.През 60-те години на 19в. в манастира живели около 30 монахини и, макар че бил девически, често бил посещаван от революционните дейци - Васил Левски, Матей Преображенски, Стефан Стамболов и поп Харитон.

След Освобождението Арбанашкият манастир започнал да запада, а през 1913г. при земетресение били разрушени всичките му сгради без църквата. Впоследствие манастирските сгради били издигнати отново.