Плаковският манастир "Св. Пророк Илия" е основан по времето на цар Иван Асен II, като първоначално се е намирал на няколко километра от днешната обител, където все още може да се види малка старинна църква. На сегашното си място манастира е издигнат през втората половина на 13в., и както повечето манастири около Велико Търново е разрушен по време на османското нашествие.

През 1450г. Плаковският манастир е възстановен, като впоследствие неколкократно е опожаряван и разграбван. През 1794г. Неофит Бозвели е посетил на два пъти манастира и обмислял заедно с монасите как да се подготвят и разпращат из страната учители и свещеници, които да служат на български език. При второто си идване Неофит Бозвели оставя в манастира и своя труд "Славянобългарское детеводство". Чест гост в Плаковския манастир е бил и поп Стойко Владиславов (Софроний Врачански), който по-късно станал и игумен на съседния Капиновски манастир. Той оставил на монасите в манастира своята книга "Кириакодромион" (в превод "Неделник"). В Плаковската обител гостувал и игумена на Преображенския манастир - йеромонах Зотик, който организирал тук работилница за пушки и барут за нуждите на българските революционери.

През 1835г. в Плаковския манастир е организирана Велчовата завера, като един от водачите и бил бившия игумен на манастира отец Сергий. След потушаването на заверата манастира е разрушен и за това напомня голяма мраморна плоча, поставена под манастирската камбанария.

Възстановяването на Плакивския манастир започнало през 1845г. по времето на йеромонах Софроний. Старата църква била съборена и на нейното място бил построен сегашния манастирски храм "Св. Илия". Името на строителя не е известно, но се предполага, че това е дело на Уста Кольо Фичето, който по-късно през 1856г. изградил и жилищното крило с камбанарията. В този период цялото крупно църковно строителство в района се осъществявало главно от него. По това време бил прокопан от монасите таен изход водещ от църквата към гората, а по-късно такъв подземен изход бил изведен и от магерницата. Тези подземни изходи били използвани от Васил Левски.

През 1949г. пожар, изпепелява голяма част от жилищните сгради в Плаковския манастир.